Mikroskop membolehkan saintis memerhati dan mengkaji objek yang tidak dapat dikesan oleh mata manusia. Dua kaedah memerhati mikroorganisma ialah mikroskop cahaya dan mikroskop elektron. Mikroskopi optik menggunakan cahaya yang boleh dilihat untuk mendedahkan mikroorganisma. Ini agak merugikan kerana mikroskop elektron memerlukan vakum untuk memeriksa sampel. Mikroskop cahaya mudah alih dan berpatutan membolehkan penyelidik memerhati organisma hidup. Tetapi mikroskop optik juga mempunyai kelemahan mereka sendiri.
besarkan
Pembesaran mikroskop optik adalah kira-kira 2000 kali, dan ia tidak boleh membesar seperti mikroskop elektron. Panjang gelombang cahaya yang agak panjang mengurangkan kuasa pembesaran mikroskop optik kerana kanta sfera kecil diperlukan untuk memfokus dan menyebarkan cahaya.
Resolusi
Mikroskop optik mempunyai resolusi yang lebih rendah. Apabila gelombang cahaya yang dibiaskan tersebar, imej yang terhasil menjadi kabur. Malah instrumen yang menyediakan kanta tambahan untuk meningkatkan pembesaran tidak banyak membantu untuk meningkatkan resolusi imej.
perhatikan struktur dalaman
Sukar untuk melihat struktur dalaman makhluk hidup tanpa menggunakan pewarna. Spesimen hidup mesti dibunuh dan diperbaiki semasa pewarnaan, menghapuskan kelebihan biasa mikroskop cahaya.





