Mikroskop cahaya dan elektron berbeza antara satu sama lain. Bandingkan variasi istilah yang serupa.
Mikroskop optik hanya boleh melihat struktur sel tertentu, seperti dinding sel, kloroplas, kromosom berlabel, mitokondria, nukleus, dsb., manakala mikroskop elektron boleh memerhati semua struktur sel. Ringkasnya, mikroskop cahaya boleh mendedahkan struktur mikroskopik sel, manakala mikroskop elektron boleh mendedahkan komposisi submikroskopiknya.
Pembesaran adalah perbezaan utama. Tidak kira berapa banyak zum yang digunakan, mikroskop optik mempunyai pembesaran maksimum yang tidak dapat dilihat oleh mata manusia. y(min)=0.61*panjang gelombang / (n*sinu) Maksimum adalah kira-kira 1.5 walaupun n*sinu terendam dalam minyak, dan baki jumlah bergantung pada saiz panjang gelombang. Oleh itu, zum masuk adalah sia-sia kerana pembesaran maksimum mikroskop optik adalah sekitar 1000 kali. Memandangkan panjang gelombang pancaran elektron yang digunakan dalam pengimejan mikroskop elektron adalah jauh lebih pendek daripada cahaya yang boleh dilihat, ia boleh menyelesaikan butiran kecil, membolehkan pembesaran sehingga beberapa juta.
