Terdapat dua jenis mikroskop pendarfluor dari segi laluan optik mereka:
1. Konsentrator medan gelap yang biasa digunakan juga boleh digunakan, dan konsentrator biasa boleh digunakan untuk menyesuaikan reflektor untuk mengalihkan dan menghidupkan cahaya pengujaan ke spesimen. Ini adalah mikroskop pendarfluor yang agak lama -. Kelebihannya adalah pendarfluor yang kuat pada pembesaran yang rendah, tetapi kelemahannya ialah pendarfluornya berkurangan dengan peningkatan pembesaran. Oleh itu, lebih baik untuk memerhatikan bahan spesimen yang lebih besar.
2. Mikroskop pendarfluor cahaya yang jatuh adalah jenis mikroskop pendarfluor baru yang dibangunkan pada zaman moden. Tidak seperti di atas, cahaya pengujaan jatuh dari lensa objektif ke bawah ke permukaan spesimen, menggunakan kanta objektif yang sama seperti kondensor pencahayaan dan lensa objektif untuk mengumpul pendarfluor. Pembahagi rasuk warna dua perlu ditambah ke laluan optik, iaitu 45 darjah selain dari uranium cahaya. Sudut, cahaya pengujaan dicerminkan ke dalam lensa objektif dan memberi tumpuan kepada sampel. Pendarfluor yang dihasilkan oleh sampel, serta cahaya pengujaan yang dicerminkan dari permukaan lensa objektif dan kaca penutup, masukkan lensa objektif dan kembali ke splitter rasuk warna dua, memisahkan cahaya pengujaan dan pendarfluor. Lampu pengujaan sisa kemudian diserap oleh penapis menyekat. Sekiranya kombinasi penapis pengujaan/pemisah rasuk warna dua/penapis menyekat digunakan, mereka dapat memenuhi keperluan produk reaksi pendarfluor yang berlainan. Kelebihan mikroskop pendarfluor ini adalah pencahayaan medan seragam, pengimejan yang jelas, dan pendarfluor yang lebih kuat dengan pembesaran yang lebih besar.
