Terdapat dua jenis mikroskop pendarfluor dari segi laluan optiknya
1. Mikroskop pendarfluor penghantaran: Sumber cahaya pengujaan disalurkan melalui bahan spesimen melalui kanta pemeluwap untuk mengujakan pendarfluor. Pengumpul medan gelap biasanya digunakan, dan pengumpul biasa juga boleh digunakan untuk melaraskan cermin supaya cahaya pengujaan dialihkan dan dipintas ke spesimen. Ini adalah mikroskop pendarfluor yang lebih tua. Kelebihannya ialah pendarfluor kuat pada pembesaran rendah, tetapi kelemahannya ialah pendarfluor berkurangan dengan peningkatan pembesaran. Oleh itu, adalah lebih baik untuk memerhatikan bahan spesimen yang lebih besar.
2. Mikroskop pendarfluor epi ialah sejenis mikroskop pendarfluor jenis baharu yang dibangunkan pada zaman moden. Perbezaannya ialah cahaya pengujaan jatuh dari kanta objektif ke permukaan spesimen, iaitu kanta objektif yang sama digunakan sebagai pemeluwap pencahayaan dan kanta objektif untuk mengumpul pendarfluor. Pembahagi rasuk dichroic perlu ditambah dalam laluan cahaya, iaitu 45 darjah dari uranium cahaya. Cahaya pengujaan dipantulkan ke dalam kanta objektif dan dikumpulkan pada sampel. Pendarfluor yang dihasilkan oleh sampel dan cahaya pengujaan yang dipantulkan oleh permukaan kanta kanta objektif dan permukaan kaca penutup memasuki kanta objektif pada masa yang sama, dan kembali ke pembahagi rasuk dua warna untuk membuat cahaya pengujaan Dipisahkan daripada pendarfluor , sisa cahaya pengujaan diserap dengan menyekat penapis. Seperti menukar kepada gabungan penapis pengujaan yang berbeza/pemecah rasuk dua warna/penapis penyekat, ia boleh memenuhi keperluan produk tindak balas pendarfluor yang berbeza. Kelebihan mikroskop pendarfluor jenis ini ialah pencahayaan bidang pandangan adalah seragam, pengimejan adalah jelas, dan semakin besar pembesaran, semakin kuat pendarfluor.
